2006년 6월에 박효신의 전 소속사였던 닛시엔터테인먼트그룹은 박효신이 전속계약을 무단으로 파기했다는 이유로 소송을 진행했으나, 2006년 10월에 닛시 측과 박효신 측은 약 4개월간 법정공방을 진행해오면서 꾸준한 대화 끝에 서로 화해하고 소송을 취하했다. 박효신 측은 닛시 측에 계약금 전액을 돌려줬고, 닛시 측도 이를 받아들이고 전속계약을 풀어줬다. 아울러 서로 사과의 뜻도 함께 전했고 소송은 마무리되었다.
인터스테이지 (나원)
2008년 1월에는 박효신의 전 소속사였던 인터스테이지(나원)로부터 전속계약 위반으로 30억 원 소송을 당했다. 나원측이 주장하는 소송 이유는 "2006년 7월 박효신과 음반 4장을 내는 조건으로 계약금 10억 원을 주고 전속 계약을 맺었고 이에 따라 박효신의 정규 5집 《The Breeze Of Sea》를 제작하였다, 그런데 2007년 7월 전국 콘서트 이후 이유없이 연락을 끊고 전속계약에 따른 활동에 협조하지 않아 계약금 10억 원의 세 배를 배상할 의무가 있다"고 했고, 이에 대해 박효신측은 인터뷰에서 "2006년 7월에 인터스테이지와 전속계약을 체결하면서 계약금 10억원을 받았는데 전에 있었던 닛시와의 소송때 계약금 전액을 돌려줘야 해서 이 계약금은 고스란히 닛시측에 갚는데 사용했고, 또한 인터스테이지는 녹음실, 편곡 및 마스터링 등의 비용을 지불하지 않았으며, 공연, OST 수익금 정산도 제대로 지급을 하지 않았다. 그리고 결정적으로 인터스테이지가 일방적으로 스케줄을 잡아 2007년 5월부터 연 전국투어 기간 진행이 원활하지 않아 극심한 스트레스로 제대로 공연을 할 수 없는 상태였다."고 하였다. 또한 박효신측은 "박효신이 전 소속사 인터스테이지와 계약금 10억 원에 전속계약을 한 것은 사실이다. 그러나 계약 해지 당시 박효신은 인터스테이지 소속이 아니었다"고 설명하며 "인터스테이지가 '박효신이 전속계약을 파기했다'고 주장하는 것은 명백한 거짓말이며 박효신의 명예를 훼손하는 행위다"고 주장하며 맞소송하였다.
하지만 2008년 9월, 서울중앙지방법원 1심에서 박효신은 전 소속사 대표이사에게 15억원을 배상하라는 판결을 받으며 패소하였지만 "판결 금액이 지나치게 높고, 회사 양도 계약 등 계약서들이 있는데 전 대표이사에게 지급하라는 법원의 판결은 당황스럽다"며 2008년 10월에 바로 항소심를 진행했다.
한편, 2009년 1월, 팬텀 엔터테인먼트는 2008년 2월에 박효신과 전 소속사 인터스테이지를 상대로 음반유통계약을 위반했다고 주장하며 9억여 원의 손해배상 청구 소송을 제기했으나, 법원은 박효신에 대한 팬텀 엔터테인먼트의 청구를 기각하고 인터스테이지는 9억1000만원과 이자를 지급하라고 판결하며 박효신측이 승소하였다.
2010년 6월, 인터스테이지와 2008년 10월부터 진행된 항소심에서도 서울고등법원은 다시 박효신은 인터스테이지측에게 15억 원을 배상하라는 판결을 받았으나 다시 상고하게 되었다.
2012년 6월 29일 대법원은 박효신의 전 소속사 인터스테이지가 전속계약을 파기했다며 제기한 손해배상 소송에서 "박효신은 15억원을 배상하라"고 판결한 원심 판결을 확정하며 박효신은 패소하였다. 대법원은 박효신이 정당한 사유 없이 전속 계약 해지를 통보했다며 판결 이유를 밝혔다.
